Vào lúc đầu, GnuPG được phát triển Werner Koch. Phiên bản 1.0.0 được phát hành vào ngày 7 tháng 9 năm 1999. Bộ Liên Bang Kinh Tề và Kỹ thuật của nước Đức cung cấp chi phí cho việc thi hành tài liệu của chương trình và mang chương trình qua hệ điều hành Microsoft Windows vào năm 2000.

Chương trình GnuPG tuân theo tiêu chuẩn OpenPGP, do đó lịch sử của OpenPGP không kém phần quan trọng trong quá trình phát triển của GnuPG.

Phiên bản 1.4.5 trong nhánh ổn định của chương trình GnuPG được phát hành vào ngày 1 tháng 8 năm 2006 [1]. Phiên bản 1.9.20 trong nhánh đang phát triển của chương trình GnuPG với hỗ trợ S/MIME được phát hành vào ngày 20 tháng 12 năm 2005.